Open access et biologie
Par David Monniaux le jeudi, novembre 17 2011, 17:34 - Recherche scientifique - Lien permanent
J'intervenais hier à l'Université d'Orsay au sujet de la publication scientifique à l'ère du numérique, et j'ai notamment parlé de l'Open Access. J'ai notamment cité PLoS (Public library of science) et LMCS (Logical methods in Computer science), ainsi que les archives ouvertes comme HAL et arXiv.
Une personne de la salle, chercheuse ou enseignante-chercheuse en biologie, est intervenue pour dire que ma présentation
Ignorait les coûts de l'open access et le risque, déjà avéré d'après elle, que les chercheurs de laboratoires mal dotés financièrement n'aient pas les moyens de publier dans ces revues, parfois bien cotées en termes de facteur d'impact, et soient donc mal évaluées, donc mal dotées financièrement. Cercle infernal.
Était exagérément naïve au sujet du rôle de la publication scientifique, qui sert principalement à l'évaluation des chercheurs et des laboratoires et non à la diffusion du savoir.
Était exagérément optimiste au sujet des archives ouvertes et de leur usage pour déposer des articles non passés devant un comité de lecture : ceux-ci, dont la fiabilité est non assurée, ne sauraient être utilisés par des chercheurs (après un instant de réflexion, elle a ajouté « dans ma discipline »).
Sur le premier point, je relève que LMCS n'exige de paiement ni pour publier, ni pour accéder aux articles. Ils peuvent se permettre cela grâce à une structure de coûts minimaliste : secrétariat largement automatisé (comme, de toute façon, la majorité de la publication en informatique), mise en page par les auteurs (comme, de toute façon, la grande majorité de la publication en informatique, y compris chez les grands éditeurs commerciaux et les sociétés savantes du domaine), hébergement chez arXiv. J'aimerais donc savoir où passent les frais de publication, entre $2000 et $3000 par article, que facture PLoS : quelle est leur structure de coûts ?
Je note également que PLoS permet aux auteurs de solliciter une exemption de frais de publication. Je sais bien que c'est en priorité destiné aux chercheurs des pays émergents et que c'est sans doute humiliant de dire « je suis chercheur en France dans un labo mal coté donc mal financé », mais c'est une possibilité.
Sur le second point, comme je l'ai dit hier, évidemment, l'utilité principale des revues, de nos jours, n'est pas de diffuser l'information (il suffit pour cela de mettre les articles sur le Web et d'utiliser Google), mais de classer les articles et de produire des indicateurs bibliométriques permettant de classer chercheurs et laboratoires. Mon interlocutrice a expliqué que les revues des grands groupes sont incontournables : déjà bien classées, elles bénéficient d'un a priori favorable pour les évaluateurs et de facteurs de pondération importants dans les indicateurs bibliométriques.
C'est un problème certain : tout nouvel entrant dans le monde des journaux débute avec un facteur d'impact nul, et les journaux disponibles uniquement en ligne sont souvent suspectés de manque de sérieux (sans doute la raison pour laquelle LMCS a pris soin de recruter diverses stars dans son comité éditorial ). Cependant, il me semble que ce problème, plutôt que d'être un problème d'open access, est à mon avis plutôt un problème de mœurs de communauté scientifique. C'est aux biologistes, dans leur ensemble, à cesser ce fétichisme de la publication dans Nature, Science et les « grandes revues classées » s'ils en ont assez de payer les frais de ces revues.
Enfin, concernant les archives ouvertes. Des milliers de physiciens, de mathématiciens etc. scientifiquement sérieux utilisent des articles pris dans arXiv. Ils savent bien que ces articles ne sont pas passés devant un comité éditorial, mais cela n'interdit pas de reprendre des idées (rappelons que la preuve mathématique est censée se suffire à elle-même). On peut utiliser avec succès des informations sans pour autant devoir leur faire pleinement confiance.
Surtout, il y a de grandes quantités de faits scientifiquement intéressants qui ne sont pas publiables. La publication scientifique, au moins en informatique (mais, je crois, dans la plupart des domaines) est axée sur les résultats positifs : il est impossible de publier un résultat du type « j'ai essayé telle approche, cela a donné des résultats négatifs », sauf en faire-valoir préliminaire pour pouvoir continuer par la présentation d'une nouvelle technique qui résout le problème (la seule exception que je connaisse à cela est la publication de résultats d'impossibilité théorique, notamment en logique, calculabilité et complexité). Or, il est intéressant de savoir que quelqu'un a un jour essayé sans succès une technique, afin de ne pas perdre de temps à essayer exactement la même.
Ce qui m'a un peu attristé avec ces remarques et leur ton quelque peu « vous n'y êtes pas, dans la recherche scientifique on fait comme ceci », c'est que j'avais justement pris soin dans mon exposé d'expliquer que ce qui fonctionne dans une discipline ne fonctionne pas forcément dans une autre, que ce qui est utile pour l'un (par exemple : Web of Science) ne l'est pas forcément pour l'autre. Cela fait des années que je déplore que certains assimilent l'ensemble de la recherche scientifique au cas de la biomédecine : que ce soit en terme de recherche documentaire (ma formatrice CIES en recherche documentaire qui ne semblait pas comprendre que l'ensemble des disciplines ne fonctionne pas comme la biochimie), d'évaluation de la recherche (la bibliométrie est peut-être adaptée à des disciplines à la publication pléthorique et aux articles avec de nombreux co-auteurs, mais ce n'est pas le cas de toutes), d'éthique, etc.
Cette assimilation de l'ensemble de la recherche scientifique au cas de la biologie me paraît d'autant plus dommageable que les témoignages que j'entends sur l'organisation de cette discipline depuis 15 ans sont peu flatteurs : étudiants surmenés, utilisés comme laborantins et trouvant difficilement des emplois ; mandarinat exacerbé ; grosses structures inhumaines... Pourquoi vouloir en faire un modèle à suivre ? (création de méga-laboratoires, bibliométrie à tout crin...)
Commentaires
" l'utilité principale des revues, de nos jours, n'est pas de diffuser l'information (il suffit pour cela de mettre les articles sur le Web et d'utiliser Google"
Mais les revues ne tentent-elles pas justement d'interdire ou de limiter la présence, dans des sites en accès libre, du contenu qu'elles publient ?
@SB: J'ignore si elles le peuvent vraiment, s'agissant de versions déposées par les auteurs. Je doute de la légalité en droit français des contrats de cession de droits qu'elles imposent (auteur non rémunéré, droits illimités, auteur dépossédé de tout droit d'usage...).
Arf....la biologie est en gros en train de vivre sa révolution. Le même genre de révolution que la physique dans les années 20.
La bio souffre donc de divers problème car elle a le cul entre deux chaises que sont l'ancien et le nouveau monde.
1) la bio est noyautée par des médecins et, un médecin, pour 99% des gens, ça doit savoir. Si ça hésite et regarde dans un livre, "c'est un mauvais". La bio souffre donc d'un dogmatisme ultra pessant (car l'attitude "médecin/notable du XIXème se retrouve dans les labos).
2) La bio souffre aussi de ses stats. Elle est passée qlqs années de "rien ou tout juste la règle de 3" à des stats complexes *auquelles les biologistes ne comprennent en gros rien*. Cependant, le point 1 les force à mettre des "p=" partout dans leurs papiers sans trop savoir si ça a un sens ou pas.
Il FAUT des stats, il FAUT des "p=" nous dira un bio. Peut être...mais avant tout il faut du bon sens. Ca éviterait de lire "un patient (17%)..." dans une très bonne revue bien chère.
Chercher une corrélation entre X et Y en bio, c'est lancer regressi avant même de faire un plot.
Bref, demander à la bio de changer de point de vue sur science et nature...C'est un voeux pieu.
Il va falloir attendre que la révolution se finisse (et vu le passif et la complexité de la chose (mal servie par un reductionnisme trop extreme) ça peut prendre des générations :))
L'intervention de cette personne est typique.
ps : vive la bio. C'est l'avenir.
J' ai un peu de mal à comprendre cette idéee (apparemment répandue car ce n' est pas la première fois que je la vois) que la pub ne sert pas vraiment à la diffusion des idées scientifiques. OK, c' est parfois un peu embêtant d'écrire des papiers, mais on ferait comment pour diffuser nos idées sans papier ? Le rapport signal/bruit n'est déjà pas extraordinaire avec le système actuel, je ne vois pas comment on peut se passer de systèemes qui hiérarchisent "un peu"
Je ne sais pas ce que vous en dites dans votre presentation, mais le point numero 1 me parait tres serieux. A part la revue LMCS que vous mentionnez, connaissez-vous d'autres revues Open Access sans frais de publication? Pas moi, en particulier en bio/medicine au sens large. Par ailleurs, ces domaines valorisent a divers niveaux les publications dans des revues etablies avec les carateristiques suivantes: 1/impact facteur si possible eleve et 2/indexation dans MEDLINE. Le chercheur moyen a beau cautionner l'open access par principe, s'il veut etre encore du metier a l'horizon de sa titularisation (ou de l'obtention de son prochain gros financement), il est bien oblige de se preoccuper de ce genre de detail.
Je vous rejoins sur la necessite de trouver des solutions a ce probleme, mais je ne suis pas sure que la creation de nouvelles revues soit la plus simple ni la plus viable.
@Aisling: Le problème de l'Open Access est différent en informatique : la plupart des chercheurs mettent leurs articles en ligne sur leur site professionnel, et d'ailleurs on a fini par obtenir de l'ACM et de Springer (les deux principaux éditeurs du secteurs, je crois) qu'ils admettent officiellement cette possibilité. Les articles récents sont donc en général disponibles par simple recherche Google.
J'ai bien insisté sur le fait que je décrivais ce qui fonctionnait dans ma discipline. Vous me parlez de la biomédecine ; pour parler franchement, c'est un secteur qui m'attriste à chaque fois que j'en entends parler et je ne prétends nullement avoir une solution à ses problèmes, dont l'accès aux publications en ligne ne me paraît pas le principal.
DM, j'ai mal compris, je pensais que vous parliez (au moins dans ce post...) de l'Open Access dans divers domaines, y compris l'info et la biologie. Je suis quand meme reservee sur la situation en informatique (je ne connais pas votre domaine de specialite particulier) mais je peux vous dire pour avoir co-organise une conference ACM recemment que les gens d'ACM sont extremement frileux sur la mise a disposition des actes en Open Access - pour tout vous dire ils ne sont pas commodes du tout et se retranchent derriere leur fameuse autorisation royale de l'auteur a rendre une copie de son article disponible sur sa page web du site de son institution. Par contre, interdit aux auteurs d'exercer ce droit en un meme lieu. C'est ce qu'on pourrait appeler diviser pour mieux reigner... Si la bio vous attriste, cette situation ne m'attriste pas moins.
Je signale dans mon domaine (les probabilités) une revue électronique totalement gratuite : electronic journal of probability. Elle est actuellement parmi les toutes meilleurs revues de ce domaine (et il me semble qu'elle monte). La mise en forme est faite par les auteurs et par le managing editor. (D'ailleurs, cela évite aux auteurs de corriger les proofs ; c'est plutôt un gain de temps...)
D'autres revues (dont la meilleure revue du domaine) met elle-même les articles sur arXiv.
Les autres revues semblent le tolérer pour tous les domaines des mathématiques (en tout cas, il est très rare de ne pas pouvoir trouver au moins une préversion d'un article sur arXiv).
Pour résumer, il me semble que c'est possible... mais c'est certainement plus facile dans des domaines dans lesquelles on idolâtre pas Nature et Science.
Citation de la citation : "...des articles non passés devant un comité de lecture : ceux-ci, dont la fiabilité est non assurée, ne sauraient être utilisés par des chercheurs"
Si je comprends cet extrait, un chercheur est incapable d'évaluer lui-même la valeur d'un article de sa discipline : il est nécessaire qu'il soit chaperonné par un comité de lecture.
@miko: Je ne connais pas les mœurs de la biologie, mais en effet cela m'a un peu surpris. Je suppose que l'on veut pouvoir utiliser les résultats d'un article sans évaluer son sérieux en profondeur, et se reposer pour cela sur le comité de lecture.
C'est quelque peu dangereux, cf Richard Feynman, « The 7% solution » (où Feynman explique qu'une bonne partie des chercheurs en physique des particules étaient partis dans une mauvaise direction suite à un unique article faisant une extrapolation hasardeuse, chacun citant comme « bien connu » le fait erroné, et personne ne prenant la peine de relire en profondeur l'article original).
Si je puis me permettre d'apporter mon vécu personnel dans des laboratoires de biologie, il y a une assez grande proportion d'articles qui se résument à « j'ai fait ça et j'ai vu ça ». On peut discuter les bienfaits scientifiques de ce genre de papiers, mais ce n'est pas le sujet ici.
Comment évaluer soi-même la fiabilité ce genre d'articles ? Il n'y a objectivement rien qui permette de douter ou de confirmer la bonne foi de l'auteur.
Dès lors, il me semble raisonnable d'utiliser un « intermédiaire de confiance », comme les reviewers, à qui on délègue l'évaluation de la fiabilité des résultats, parce qu'ils sont tellement proches du domaine qu'ils peuvent évaluer la vraisemblance des résultats, éventuellement la rigueur expérimentale des auteurs, voire refaire une partie des expériences.
Du moins, il me semble que dans un monde idéal ça pourrait raisonnablement fonctionner comme ça, non ?
Heu... un reviewer, dans le temps qu'il a pour faire son rapport, n'a pas les moyens de refaire les expériences, non ?
Ça dépend des expériences et du reviewer :-)
Si le domaine est suffisamment proche pour que l'instrumentation et les protocoles soient en place, les expériences les plus directes peuvent être refaites en 1 ou 2 jours de thésard ou de stagiaire.
Évidemment ce n'est pas possible pour toutes les expériences, et les résultats peuvent être plus grossiers que ceux de l'auteur, mais ça reste une vérification expérimentale qui n'est pas à la portée de tout le public potentiel, et donc une valeur ajoutée du processus à la fiabilité du contenu.
J'ai assisté personnellement à une telle vérification, mais je ne saurais pas du tout dire dans quelle mesure cette pratique est fréquente.
Pour la plupart des experiences en bio, je doute que les reviewers aient ni le temps ni les moyens de refaire la moindre experience! Beaucoup d'experiences demandent plusieurs semaines voire mois de travail a realiser, coutent tres cher, et demandent du materiel (par exemple, des modeles animaux) qui n'est pas a la disposition immediate de tous. En general, le reviewer doit faire l'hypothese de bonne foi des auteurs concernant les resultats rapportes et fonder sa critique sur la methodologie utilisee, la portee des resultats et l'interpretation qui en est faite.